[WindowsNT]

О каком домене идёт речь вообще? Active Directory, NT-домене? Тогда контроллер придётся сделать новый.
Имя для домена Active Directory покупать не нужно. Это делается только для распознавания имён опубликованных веб-ресурсов из Интернета.

DHCP — средство автоматической конфигурации IP-протокола. Для домена необходимым не является.
Proxy никакого отношения к домену не имеет вообще. Почтовый сервер тоже.
Зачем клонировать или инсталлировать машины, им просто нужно указать, что теперь они будут являться членами нового домена.

Что есть "полноценная ЛВС", какова мера полноценности?

[t3mk4]

Хочу отделить »

Давайте определимся с "хочу" или "требуется для работы"? А то с вашими знаниями лучше заранее увольтесь пока вас не выкинули и не дай бог не сломали руки и ноги.

[Delirium]

Можно ли их всех клонировать, или быстрее создать заново? »

Заново. Проблем меньше будет.

Нужно ли приобретать новое доменное имя "company2.ru"? »

Если нужна почта вида Mail@company2.ru, то надо.

А то с вашими знаниями лучше заранее увольтесь пока вас не выкинули »

Не вижу ничего в теме топикстартера, что дало бы основание так выражаться.

Если есть мысли по теме - милости просим. Нет - голословно утверждать ничего не надо.

alexx281, во избежание лишних головных болей все делаем с нуля.
1. Ставим AD
2. Ставим DHCP и авторизуем его в домене.
Следует сразу учесть, что, если сети будут соединены хотя бы через один свитч, высока вероятность того, что клиент подцепит адрес не из своего диапазона(пока он не в домене).
3. Ставим свой DNS
4. прокси - тут вопрос на любителя. Можно поставить отдельный, можно настроить старый на выдачу интернета двум доменам. Тут уж как пожелаешь.
5. ПОчтовик - само собой, лучше отдельный(если нужна почта company2.ru.