Sergey.l, следует разместить сие
перед каждой командой move. Кроме того, на Windows 2003 и выше имеет смысл задействовать не set /p, а choice.exe (на предыдущих версиях его не было в комплекте, и требовалась отдельная установка из Resource Kit'ов), наподобие:
Код:

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion
choice.exe /m "Переместить *.doc"
if %errorlevel% equ 1 move d:/folder/*.doc d:/folder/2018/01/09/
choice.exe /m "Переместить *.docx"
if %errorlevel% equ 1 move d:/folder/*.docx d:/folder/2018/01/09/
choice.exe /m "Переместить *.txt"
if %errorlevel% equ 1 move d:/folder/*.txt d:/folder/2018/01/09/
endlocal
exit /b 0