[Nordek]

Можно ли в этом случае менять дефолтный путь установки на путь %ProgramFiles% »

Типы инсталляторов
NSIS Help » Command Line Usage » Installer Usage
InnoSetup Help » Setup Command Line Parameters
InstallShield Help » Setup.exe and Update.exe Command-Line Parameters
На остальные инсталляторы, ключи найдёте в интернете.

Зависит от приложения.
Есть приложения которым можно менять, а есть приложения для которых не желательно назначение каталога ProgramFiles.
Например приложения сохраняющие файл конфигурации в том же каталоге, откуда приложение было запущено.
Некоторые умеют перенаправлять в каталог "VirtualStore (%LocalAppData%\VirtualStore)", а некоторые нет.

Пример

Например мне нужно чтоб AkelPad не "мусорил" в реестре.
Для этого я открою "Настройки", перейду на вкладку "Реестр" и переключу на "INI файл" чтоб параметры были перенесены в AkelPad.ini.
Но мне сделать не удастся. Файл "AkelPad.ini" даже не попадёт в "%LocalAppData%\VirtualStore\Program Files\AkelPad".
Чтоб применить изменения мне потребуется запустить приложение AkelPad с правами администратора.
Но мне не нужно и я не хочу запускать приложение AkelPad с правами администратора - тогда мне достаточно для текущего пользователя от которого я работаю назначить права на папку AkelPad (C:\Program Files\AkelPad).
После этого я могу без прав администратора сохранить параметры в файл AkelPad.ini рядом с программой - которая расположена в "C:\Program Files\AkelPad".

Есть приложения которые устанавливаются в "C:\Program Files\", и для сохранения им требуется сохранить параметры именно в тот каталог - где установлено это приложение.

Есть у меня приложение: Которое устанавливается только в "C:\Program Files\".
Параметры ему нужно сохранять именно туда, куда оно установлено приложение.
Причём параметры, приложение сохраняет в файл без единого вопроса. Даже ошибок не выдаёт, если параметры не удалось сохранить - от чего приложение работает не должным образом, точнее совсем не работает.