[Eakdrazile]

error opening security policy file /etc/X11/xserver/SecurityPolice
а файл такой по заданному пути есть?
Настройки программ, которые используются пользователем, хранятся в скрытых папках в домашнем каталоге пользователя (в /home), сами программы хранятся в /usr.
Настройки системы и разных основных системных прог хранятся в /etc. Если у вас (кроме свопа) при установке был создан один раздел и ему была назначена точка монтирования / (корневой), вы его просто клонируете и всё что в нём сохранится.