лжепапки junction
 

Этот тип папок появился уже в висте
Тут расписано что это такое

Дело в том что в ProgramData есть лжепапка Application Data которая замыкается на ту же самую ProgramData, из-за этого при переносе или еще каких-нибудь действиях с этой папкой начинаются глюки. Зачем такая папка? Если эту лжепапку просто удалить, скажется ли это на работе системы?

Переносе чего? Каких конкретно действий? Какие конкретно глюки?

Думаю, что нужно отключить отображение системных файлов, и не будет болеть голова о ней. Ее даже не видно будет.

Я захотел переустановить себе windows без форматирования диска C:, загружаюсь с чего-нибудь типа флешки или СД удаляю папки windows и program files и инсталюсь. С хр делалось неоднократно и всегда успешно.

В семерках кроме тех папок есть еще ProgramData, которую я тоже решил удалить, и не получилось, полчаса бился и фораматнул уже со злости. Только потом я разабрался в чем дело, не со всего подряд можно грузится, много софта для работы с файлами «не знает» о существовании «лжепапок»


Не только у меня из-за этого были проблемы
У всех по разному, предлагают или убить или запретить доступ, но информации зачем это вообще было задумано не нашел.

Правильно это делать так: Как переустановить Windows 7, сохранив настройки и установленные программы

Вы делаете неправильно, после чего делаете вывод о том, что вам мешают лжепапки. Это классика ССЗБ.

Для совместимости с программами, которые верят в наличие папки %allusersprofile%

Статья по ссылке о том как поставить систему поверх уже установленой, это не то что нужно было мне, и вопрос не в этом.

Вопрос заключается в том зачем сделали такое "замыкание" папки.

Про "совместимости с программами" понятно, но это можно было реализовать другим способом.

Та же беда с этой папкой и в юзерских профилях в LocalSettings

Для чего - ответ дан. Вопросы "почему сделали так, а не сяк" направляйте разработчикам Windows.