[Admiral]

Из сказанного я понял что 2000ка грузится без проблем. 2003я же после выбора не знает где первый раздел, после вмешательства установщика ФрееБСД в конфигурацию (или по ФрееБСДшному геометрию) дисков.
Необходимо копать в направлении FreeBSD в частности в теме
FreeBSD и Windows XP в одном флаконе
говорится что необходимо провести

разбиении слайса с Windows на два логических раздела C и D, и размещению между ними отдельного раздела для FreeBSD размером 30Mb а в нём /boot »

И собственно очень близкая тема Установка FreeBSD к Windows где к

Windows ХР SP2 , Server 2003...»

необходимо

поставить третьей FREEBSD »

[Petya V4sechkin]

dialect777, в статье:
Файл BOOT.INI и принятые имена ARC-путей, а также их использование

сначала нумеруются основные разделы, а затем — логические диски.

Значит, когда было два раздела (1-й Primary, 2-й Logical), в Boot.ini было partition(1) для w2k и partition(2) для w2k3. При добавлении еще одного Primary он становится 2-м, поэтому для w2k3 надо исправить на partition(3). Видимо, так.

Редактирование файла Boot.ini в Windows 2000
Редактирование файла Boot.ini в Windows Server 2003

[Admiral]

Petya V4sechkin, надеже как просто, тут в нумерации может быть дело да и только.

[dialect777]

Спасибо Petya V4sechkin !
Действительно, все гораздо проще, чем есть на самом деле :-)
Смена нумерации в boot.ini все решает!
Решено