Wu-Tang, что ж, попытаюсь объяснить, наверное уже в сотый раз
Итак, вы скопировали файлы на жесткий диск с помощью OEM-папок. У вас все получилось и файлы там лежат. Но сами по себе они не запустятся - это понятно? Чтобы запустить их
при первом входе в систему, нужно использовать RunOnceEx или GuiRunOnce.
Чтобы запустить файлы на Т-12, нужно использовать cmdlines.txt (или svcpacki.inf, но этого я сейчас касаться не буду). Для запуска файлов из
CMDLINES.TXT их необязательно копировать на жесткий диск, можно запускать прямо с компакт-диска.
Если в корне папки $OEM$ разместить ваши файл tweaks.reg, то достаточно будет
Код:

[COMMANDS]
"REGEDIT /S tweaks.reg"
settings.cmd вообще не нужен. Все это, кстати, описано в статье про твики реестра, которую вы, предположительно читали
Что же касается вашего reboot.exe, то поскольку он запускается при первом входе, то GuiRunOnce будет для него лучшим вариантом.
См. также
[решено] Импорт твиков реестра: RunOnceEx vs. GuiRunOnce