[Severny]

С проблемой справился только после того, как разъединил их по разным шлейфам, что не очень хорошо. »

А почему? Скорее наоборот.

Как бы мне обратно восстановить работу двух винчестеров от одного шлейфа? »

Поставить правильно перемычки.