самый простой вариант - сделать батник, например backup.bat:
Код:

@echo off
xcopy /s c:\folder1 \\server\backup\
xcopy /s d:\folder2 \\server\backup\
запускать на рабочей станции заданием через "scheduled tasks"
можно сделать на сервере (запускать по расписанию под аккаунтом, имеющим админские права на рабочих станциях):
Код:

@echo off
xcopy /s \\comp1\c$\folder1 d:\backup\с1
xcopy /s \\comp2\d$\folder2 d:\backup\с2
xcopy /s \\comp3\d$\folder3 d:\backup\с3
xcopy /s \\comp4\c$\folder2 d:\backup\с4
Вместо xcopy можно использовать какой-нибудь архиватор. Например
Код:

winrar u d:\backup\comp1_folder1 \\comp1\c$\folder1
winrar u d:\backup\comp1_folder2 \\comp1\d$\folder2
Ну или делать нормальный бекап через родной ntbackup - тоже по расписанию.
Кстати оно открытые файлы бекапить будет правильнее чем xcopy )