sicilian

все по своему правы и спорить трудно.
я сделал следующее, и вам того же советую:

у меня одна 80 wd 8mb->
с - 10 Гб NTFS - сюда ОС поставил и ПО, как не крути, а для системного диска лучше файловой системы нет;
d - 10 Гб NTFS - тут храню рабочие документы, проекты;
e - 50 Гб NTFS - тут весь, т.н. хлам, включающий: музыку, фильмы, игры, картинки, и т.д. и т.п.
f - 4 Гб FAT32 - тут файл подкачки, и временные папки Temp, Tmp.

NTFS имхо лучше и надежнее поскольку:
1) легче восстанавливать, опыт большой и неприятный;
2) проще раздать права на папки;
3) 200% лучше работает под 2000/xp/2003;
4) ну и банально т.к. позже разработан - соответсвенно лучше.