[Jula0071]

настраиваю для duckdns.org поддоменов. »

Это мало что говорит. Для какого сервиса(ов) сертификаты?

[Sick_013]

Для Nginx, он выступает обратным прокси для веб сервера на локалхосте (основан на Apache). duckdns.org выбран как DynDNS сервис который бесплатно поддерживает TXT записи

[Jula0071]

У вас один сертификат или несколько (несколько доменов)? В принципе certbot из коробки умеет менять сертификаты nginx.

[Sick_013]

Сертификат для одного домена, в ручном режиме для поддомена мой_домен.duckdns.org я получаю сертификат через проверку TXT записи в --manual режиме, вопрос обновлении сертификата. При такой проверке я должен обновить TXT запись на ту которая генерируется при запросе и потом инициировать получение сертификата, duckdns.org это поддерживает. Существует метод автоматизировать процесс обновления с помощью двух скриптов --manual-auth-hook и --manual-cleanup-hook. Как я понял именно так можно автоматически обновлять полученную TXT запись и запрашивать обновление сертификата, вопрос в реализации, не могу разобраться что указывать в этих скриптах

[Jula0071]

я получаю сертификат через проверку TXT записи в --manual режиме »

Ну это ж не удобно, делайте как все белые люди через http при помощи certbot.