Код:

namespace ConsoleApplication7
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            WshShell shell = new WshShell();

            //путь к ярлыку
            string shortcutPath = Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.Desktop) + @"\Блокнот.lnk";

            //создаем объект ярлыка
            IWshShortcut shortcut = (IWshShortcut)shell.CreateShortcut(shortcutPath);

            //задаем свойства для ярлыка
            //описание ярлыка в всплывающей подсказке
            shortcut.Description = "Ярлык для текстового редактора";
            //горячая клавиша
            shortcut.Hotkey = "Ctrl+Shift+N";
            //путь к самой программе
            shortcut.TargetPath = Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.System) + @"\notepad.exe";

            //Создаем ярлык
            shortcut.Save();
        }
    }
}