[Blast]

AR
Скорее всего поврежден boot 98-й...  обычно лечится загрузкой с аварийного диска с последующим запуском командой fdisk /mbr.... только вот как эта самая команда повлияет на загрузчик 2к... не знаю...

Добавлено:

Попробуй еще сделать вот что:
- делаем диски аварийного восстановления в 2к
- грузимся с аварийной дискеты 98-й
- даем команду sys c:

*после этого должна загрузиться 98-я, но о меню выбора ОС для загрузки даже не вспомнит...*

- берем спасательные дискеты от 2к, грузимся с них и делаем автоматическое восстановление винды 2000 (!только не консоль!)

после этого должно появиться меню выбора ОС для загрузки и должны грузиться обе винды

P.S. лично я этого никогда не делал и с подобной проблемой сталкивался только на "одноосьной" машине, поэтому если будешь экспериментировать, то исключительно на свой страх и риск...