[Deep2007]

С помощью статьи http://support.microsoft.com/kb/925718/ru найдено такое решение:

1. При закрытом WMP удаляем все файлы .wmdb из папки %USERPROFILE%\Local Settings\Application Data\Microsoft\Media Player (файлы базы данных).
2. Удаляем все файлы .jpg в %USERPROFILE%\Local Settings\Application Data\Microsoft\Media Player\Кэш файлов графики\LocalMLS (картинки обложки альбомов).
3. Создаем текстовый документ (пустой), который переименовываем в CurrentDatabase_360.wmdb. Переносим его в %USERPROFILE%\Local Settings\Application Data\Microsoft\Media Player.

После таких манипуляций WMP хотя и изменяет размер нового CurrentDatabase_360.wmdb. на 20480 байт, но библиотека не создается, видимо WMP не может работать с поврежденной базой данных. Не знаю, как долго эти костыли продержатся, но другого решения не нашел. Для острастки файлу CurrentDatabase_360.wmdb назначил атрибут "Только чтение".
Также снял права на запись для всех, включая "SYSTEM".

PS После этого заметил, что удается удалить ВСЕ папки для индексирования штатным путем, через интерфейс (для этого на вкладке WMP "Библиотека" надо выбрать "Исполнитель" или "Альбом". По центру окна будет надпись:
"Элементы в библиотеке отсутствуют; проигрыватель выполнит поиск файлов мультимедиа в фоновом режиме. Щелкните здесь чтобы добавить файлы в библиотеку сейчас.")

Щелкаем, удаляем все папки для индексирования.

PPS C этими изменениями WMP перестает надоедать предложениями о синхронизации при подключении флешек. Библиотека не создается даже вручную, нажатием на Щелкните здесь.