Сrack, мда ... в вашем исполнении такая переменная - только насмешка
в любом случае мастер делает разбор пути и, если путь к программе отличен от {Patch}\что-то, то в ini-файле пишется абсолютный путь:
вот правил ini-файл вручную:
Код:

[MInst]
Profile=Профиль по умолчанию
SoftPatch=c:\temp\1
...
[5]
Group=7
Name=!info!
Patch={SoftPatch}\proba\start.bat
...
после сохранения ini-файла в мастере получил:
Код:

...
Patch=%SystemDrive%\temp\1\proba\start.bat
..
дальше .. окно правка/добавить программу .. поле Включать установку:
в вашем исполнении тоже ухмылка ..
пишем название зависимой программы (например Check Device 1.0.0.3
8), и связь ессественно пропадет, если поправим название ((например на Check Device 1.0.0.3
9)) ..
итог:
идею переменной указателя на корневой каталог программ можно похоронить

с идеей зависимых программ можно тоже попрощаться ..
радио-кнопка (Группа несовместимых

- это хорошо!
и еще .. при выполнении любой программы из списка, текущим указателем становится каталог, откуда была запущена эта программа!
поэтому можно запускать любой bat- cmd- файл ..
к примеру ..
каталог AkelPad v.4.8.5 Free
там два файла: AkelPad-4.8.5-setup.exe и AkelPad-4.8.5-x64-setup.exe
пишем файл s.bat
Код:

if defined ProgramW6432 (
set file=AkelPad-4.8.5-x64-setup.exe
) else (
set file=AkelPad-4.8.5-setup.exe
)
start /wait %file% /S
запускаем s.bat, получаем установленный AkelPad