[Creat0R]

при изменении вылазит Checkbox и со второй закладки "$TabSheet2" »

Это не изменение, а пересоздание, а так как таб уже закрыт, элементы помещаются после него, т.е не относятся к определённому табу.
Нужно либо переключать табы, либо не пересоздавать элементы, а задавать им новое значение:

Код:

#include <ButtonConstants.au3>
#include <GUIConstantsEx.au3>
#include <TabConstants.au3>
#include <WindowsConstants.au3>

Global $Perekluchenie = 0

$Form1 = GUICreate("Form1", 633, 447, 192, 124)

$Tab1 = GUICtrlCreateTab(8, 8, 617, 433)
GUICtrlSetResizing(-1, $GUI_DOCKWIDTH + $GUI_DOCKHEIGHT)

$TabSheet1 = GUICtrlCreateTabItem("TabSheet1")
$Checkbox1 = GUICtrlCreateCheckbox("TEST 1", 124, 72, 97, 17)

$TabSheet2 = GUICtrlCreateTabItem("TabSheet2")
$Checkbox3 = GUICtrlCreateCheckbox("TEST 3", 24, 160, 97, 17)

GUICtrlCreateTabItem("")

$Dummy = GUICtrlCreateDummy()

Dim $aAccelKeys[1][2] = [["z", $Dummy]]
GUISetAccelerators($aAccelKeys, $Form1)

GUISetState(@SW_SHOW)

While 1
    $nMsg = GUIGetMsg()

    Switch $nMsg
        Case $GUI_EVENT_CLOSE
            Exit
        Case $Checkbox1
            If $Perekluchenie = 0 Then
                MsgBox(0, "", "TEST 1")
            Else
                MsgBox(0, "", "TEST 2")
            EndIf
        Case $Dummy
            If $Perekluchenie = 0 Then
                GUICtrlSetData($Checkbox1, "TEST 2")
                GUICtrlSetData($Checkbox3, "TEST 4")
                $Perekluchenie = 1
            Else
                GUICtrlSetData($Checkbox1, "TEST 1")
                GUICtrlSetData($Checkbox3, "TEST 3")
                $Perekluchenie = 0
            EndIf
    EndSwitch
WEnd

[TERMINAL]

Creat0R, Огромное спасибо !