[Iska]

это файл есть по умолчанию в системе ? »

Да:

Код:

C:\WINDOWS\system32\findstr.exe

И куда потом выводится результат ? »

На консоль, но можно и перенаправить вывод, например, в файл:

Код:

findstr.exe /v /g:"0001.txt" "0002.txt" >"0003.txt"