Можно отключить уведомления о системных обновлениях в настройках Нода. Для этого надо открыть главное окно программмы и перейти в расширенный режим, нажав F5. В дереве настроек выбрать Служебные программы - Системные обновления. Из выпадающего меню выбрать пункт Без обновлений и щелкнуть ОК. Если хотите, можете прочитать подробную
инструкцию по отключению уведомлений о пропущенных обновлениях (на английском).