[DJ Mogarych]

Дело, очевидно, в том, что кодек не умеет пользоваться всеми этими вкусностями. Он использует по-максимуму только то, что умеет использовать. Остальное не задействуется.
Ради интереса откройте диспетчер задач, и посмотрите на вкладке быстродействия, сколько работает ядер из этих шестнадцати.
На всякий случай поищите в настройках meGui или кодека x264 какие-нибудь упоминания о многопоточности, и если возможно, включите её, если она почему-то отключена.

И я, кстати, не знаю, умеет ли Windows XP нормально работать с таким количеством ядер и процессоров.