newb1e, если на другой диск, можно одной командой:
Код:

XCopy D:\*.exe E:\backup\ /S
На тот же диск примерно так:
Код:

@Echo Off
SetLocal EnableExtensions
Set BackupDir=D:\backup
For /F "Delims=" %%I In ('Dir D:\*.exe /A-D /B /S') Do (
Echo %%~I
XCopy "%%~I" "%BackupDir%%%~pI" >nul
)
Что делать, если папка
backup уже существует перед копированием?