[slon!]

Может у вас корпус какой-то особенный (с управлением кулерами и т.п.), и схема в корпусе реагирует таким образом.
Думаю ничего страшного, кулеры на мат. плате ведь не начинают еще раз крутиться.

[DVDshnik]

pwr led, он гас, загорался и гас окончательно

Сие отнюдь не означает, что питание пропадает до нуля. Оно просто просаживается при выключении.
Естественно, это легко проверяется вольтметром, желательно стрелочным.

[antikiller_bm]

При выключении винчестер издаёт короткий писк, не знаю как раньше, но сейчас попискивает 2 раза.
Проблему заметил после замены корпуса (БП остался прежний) корпус обычный, без наворотов...

[slon!]

Перепроверить все контакты, вынуть-вставить разъем питания мат. платы.
Какая модель БП?

[Rodg]

Проблему заметил после замены корпуса »

вот твоя проблема, пересобери и посмтри чтобы ничего не замыкало

[antikiller_bm]

Проверял, ничего не изменилось, есть ли какой нибудь способ проверить, выключается ли мат.плата или БП в этот короткий промежуток времени или нет?
5В вроде остаются...

Само по себе явление мне не мешает, я боюсь за мат. плату!

-----------------

Проанализировал напряжение 12В с помощбю светодиода, напряжение пропадает плавно после полного выключения так же как и по 5В

[Barada]

Это обычное дело. Забуть об этом, это не проблема. У меня в офисе точно такая ситуация, уже более 3 лет всё чотко работает и проблем нет.

[dj_gvozd]

Проанализировал напряжение 12В с помощбю светодиода, напряжение пропадает плавно после полного выключения так же как и по 5В »

Все в порядке.

При выключении винчестер издаёт короткий писк, не знаю как раньше, но сейчас попискивает 2 раза. »

Странно, что два раза.