[rudvil]

Проблема решена, настройщик нужно запускать с правами Администратора...

[Vendor]

Запуск с правами администратора тут не при чём, это известный баг установщика mysql. Если он случился то выходом может быть установка пароля из cmd line
SET PASSWORD FOR 'root'@'localhost' = PASSWORD('pass');
И всё будет работать как обычно.

[porfirion]

у меня была такая же проблема - оказалось, что остался старый-старый пароль от базы, которую я снёс год назад (причём была другой версии соответственно)!
З.Ы.
SET PASSWORD всё-таки никто не отменял, он помогает)