[QRS]

А в какое хранилище Вы импортировали полученный сертификат - нужно в личные сертификаты текущего пользователя, там же можно увидеть все Ваши рабочие сертификаты EFS.
Информацию о сертификате EFS (его отпечаток), примененном для шифрования файла можно увидеть в свойствах файла.

PS: а зачем Вам для EFS сертификаты CA? Я бы мог понять, если бы это был корпоративный CA... а так Stand-alone. Не проще ли компьютеру в групповой политике задать агента восстановления, а сертификаты EFS пусть себе генерирует каждый пользователь автоматом?! Сертификат агента восстановления можно создать и без CA - программой cipher.exe

[__sa__nya]

Я в личные и импортировал.

PS: а зачем Вам для EFS сертификаты CA? Я бы мог понять, если бы это был корпоративный CA... а так Stand-alone. Не проще ли компьютеру в групповой политике задать агента восстановления, а сертификаты EFS пусть себе генерирует каждый пользователь автоматом?! Сертификат агента восстановления можно создать и без CA - программой cipher.exe »

это понятно, но для саморазвития (да и интересно) охота научиться и таким способом шифровать данные.

[QRS]

Удалите из личного хранилища все лишние сертификаты EFS и повторите попытку шифрования.
(все файлы, зашифрованные удаляемыми сертификатами станут недоступны )

---
Если хотите для саморазвития, то создавайте корпоративный CA в домене - сертификаты будут запрашиваться автоматически; причем одному и тому же пользователю на разным компьютерах домена будет выдан один и тот же сертификат.

[__sa__nya]

А там перед импортом нужного сертификата ничего и не было. Думаю что где-то через групповые политики рулится.