[Blast]

Насколько я знаю, в Windows нет ничего такого, с помощью чего можно было бы контрольные суммы файлов сверять

[Alien 4ever]

Blast, т.е. копирование файлов само по себе не дает никакой гарантии, что копия файла будет идентичной исходному файлу?
А как же системные Message-box-ы с ошибками, которые иногда вылезают при копировании, например, со сбойных дискет или CD?

[Pili]

copy.exe с ключем /v
Проверяет правильность копирования.

Например, если я посмотрю в свойствах папок, и объем в байтах будет идти один в один - достаточно ли этого, чтобы быть уверенным, что данные скопировались один в один? »

Вполне нормальный способ, я так правильность скачивания с фтп серверов проверяю )
Но у вас есть нюанс, системные или заблокированные файлы могут не скопироваться (некоторые, в принципе, и не нужно копировать), тогда проверка по размеру не сойдется. Решение - загрузится с компакта (типа WinPE) и склонировать винт.

[Coutty]

Ну или потом пройтись циклом с помощью compare. Или как там оно называется...