[mrcnn]

Admiral, а как вы переназначаете "Мои документы" и в целом Documents and settings? По умолчанию многие проги туда пишут свои данные, так что одних Program Files и недостающих файлов будет недостаточно для восстановления проги после переустановки системы. Настройки в реестре тоже нужно бекапить. Portable прога должна хранить настройки у себя в папке, а не в реестре и не в Documents and settings.

[Admiral]

Папка "Мои документы" переносится через свои свойства

Что касается в целом Documents and settings
то в установленной системы их можно перенести
как сменить путь к стандартной папке
Но это не рекомендуется, лучше проинсталить сразу куда надо указав в файле ответов

Код:

[GuiUnattended]
    ProfilesDir="D:\Documents and settings"

Но первое я не делаю, так как действительно в Мои документы много папок свои проги гонят, так что много всего лишнего, было даже такое время что я давал запрет на запись, что б мало не показалось, а писал с под другого юзера. Но потом просто создал себе папку на диске D и храню там свои данные, а проги пускай себе дальше туда пишут и разбираются между собой, а все ценные наработки от туда перемещаю в папку на диске D.
Я ж говорю что инсталлятор при повторной инсталляции в ранее инсталленую папку разберётся где чего не хватает по папкам системе юзера и реестра. А оставлять папку Documents and settings перед установкой, это потом получать в ней папку USER NAME.NAME OF COMPUTER >>