[K.A.V.]

Мне нужно создать программу, которая бы запускалась при загрузке Windows »

Гугл в помощь по запросу "автозагрузка реестр"

и выводила бы окно»

Показывала/скрывала? ShowWindow

с заданной периодичностью »

я не совсем шарю в winapi, но думаю, что здесь вам нужно создавать поток с таймером
CreateThread + Sleep
погуглите по этой теме

в правом верхнем углу экрана »

Тогда вам нужна SetWindowPos

с текстом сообщения и кнопкой "ОК" »

CreateDialog

Причем это окно должно появляться поверх всех других окон и не закрываться другими окнами, пока не будет нажата кнопка "ОК »

В параметрах вызова SetWindowPos укажите нужные флаги

Хотелось бы, чтобы эта программа была не видна пользователю (что-то в виде службы) »

Судя по уровню ваших знаний, вам до этого ещё далеко, вы хотя бы сначала окно создайте...

и имеет иконку в трее »

Shell_NotifyIcon

[Iska]

По описанию — типичный WinLocker .

[greg zakharov]

...или СМС-вымогатель. хотя и без Си можно обойтись.

[tumanovalex]

Не угадали, никаких вирусов и локеров я создавать не собираюсь принципиально - не хочу гадить людям. Это просто один из элементов напоминалки.

[tumanovalex]

Видимо, мне нужно попробовать самому разные варианты и тогда задавать конкретные вопросы по реализации. Спасибо всем участникам обсуждения.