[Iska]

что будет свидетельствовать о заражении флешки вирусом »

Не будет свидетельствовать.

и о том, что компьютер, к которому флешка подключена заражен. »

И тут не будет.

[Elven]

Извините, конечно, но это вообще не защита, а, скорее, обманка для самого себя. С твердой уверенностью что "теперь-то флешка защищена" запускатель сего бодро впихнет ее в завирусяченый комп и получит на нее полный комплект тех же самых autorun.inf, desktop.ini, ready.ico и прочая прочая прочая. Но даже если бы вирусописатели были в хлам тупые и не подменяли одно файло другим с удалением и переназначением перечисленных в батнике сработал бы он хоть худо бедно нормально лишь в том случае, если бы флешка была отформатирована в NTFS или exFAT.

[gora]

К сожалению ТС выбрал тактику полного игнорирования замечаний (правда, иногда "огрызается" ).
Учитывая, что за последнее время он создал множество подобных веток со скриптами иногда сомнительной работоспособности и нужности, то думаю, что подобное поведение не приведет его к хорошим результатам и не позволит ему довести его скрипты до кондиции.