[boss911]

А если открыть контекстное меню на MSI файле и выбрать "Удалить", то после подтверждения все равно просит указать путь к данному MSI файлу? Не типичное поведение.

Попробуйте повторно (поверх) установить этот MSI и потом снова повторить процедуру удаления.

[MKN]

чтобы установщик понимал, что я и так ему даю этот файл, который он просит. »

Чтобы не быть привязанным к пути, укажи GUID (код продукта) своего MSI установщика (циферки в фигурных скобках, типа {06AD488F-80CF-4CA1-B224-BA96F57F25B4}) :

msiexec.exe /X{GUID} /q

В MSI таблице этот код находится в Property/Property/ProductCode

ps Иногда исходный код продукта может измениться, или после не корректного апдейта MSI пакета, или игнорироваться после не корректного удаления программы (или её части). Тогда могут возникнуть проблемы с штатным удалением.
В этом случае может помочь утилита MSI Install Clean Up

[Неадекват]

MKN, а где найти эту таблицу MSI? Как узнать GUID приложения если я его не знаю?

[Сrack]

Узнать GUID можно через Check Device:


Вот только он не поможет, удаление через аплет "программы и компоненты" как раз так "msiexec.exe /X{GUID}" и удаляет, но может в вашем случае не так. Команду которую использует аплет панели управления "программы и компоненты" можно посмотреть в ветке реестра, параметр UninstallString.

[MKN]

Вот только он не поможет »

Поможет - как ответ на вопрос :

чтобы установщик понимал, что я и так ему даю этот файл, который он просит »

Всё прочее (почему не происходит удаление) - гадание и экстрасенсорика