[rsod]

Если вы хотите получить единый файл, может быть лучше выбрать формат MKV, который поддерживает несколько субтитров и звуковых дорожек в одном файле? И ничего вшивать не придётся, пользователь сам выберет нужные субтитры, и подредактировать если что можно. В общем одни плюсы. Для этого можно использовать, скажем, MKVtoolnix

[EXIA]

программы в которых я открываю видео и совершаю озвучку, не поддерживает mkv. Собственно я из из мкв и перевел в мп4, чтоб работать в этих программах.

[rsod]

VirtualDub, не предлагать, он не проигрывает mp4, только с плагином + фильтр Subtitler.vdf работает только с субтитрами в формате *.ssa »

http://subtitry.ru/articles/27/
тут обратное написано
ну а что тут ещё сказать, не нравится дуб, есть всякие adobe premiere и т.п. Конвертеров полно. AVS вроде должен уметь.