[Baw17]

iDmitry, если HDD Sata то в настройках режима работы SATA контроллера установите режим Compatible
Configure SATA as – Выбор интерфейса для устройства SATA
[IDE] [RAID] [AHCI]
Контроллер Serial ATA поддерживает несколько режимов работы. Первым является режим эмуляции параллельного интерфейса передачи данных ATA обычного IDE устройства, что необходимо для совместимости. Второй режим позволяет создавать RAID массивы. Третий режим - это фактически родной для Serial ATA протокол AHCI (Advanced Host Controller Interface), в котором реализованы такие функции оптимизации обращения к жесткому диску, как NCQ (Native Command Queuing), Hot Swap, Port Multiplier, Staggered Spin-Up, которые позволяют увеличить скорость передачи данных, понизить издаваемый «винчестером» шум и реализовать другие расширяющие возможности дисковой подсистемы функции.
Controller Mode – Выбор режима работы контроллера SATA
[RAID] [IDE] [AHCI]
В настройке «Controller Mode» можно определить режим работы дополнительного контроллера. Опция RAID позволит создавать SATA RAID массивы, опция IDE определит контроллер в режим эмуляции IDE устройств. Опция AHCI сконфигурирует SATA порты для работы по протоколу AHCI (Advanced Host Controller Interface), в котором реализованы такие функции оптимизации обращения к жесткому диску, как NCQ (Native Command Queuing), Hot Swap, Port Multiplier, Staggered Spin-Up.

1st Boot Device - первое загрузочное устройство
[xxx Drive] [Disabled]
Указанное в данном пункте устройство станет первым, с которого BIOS попытается загрузить операционную систему.
2nd Boot Device - второе загрузочное устройство
[xxx Drive] [Disabled]
Указанное в данном пункте устройство станет вторым по счету, с которого BIOS попытается загрузить операционную систему.
32Bit Data Transfer – 32 битный режим передачи данных
[Disabled] [Enabled]
При работе дисковых накопителей IDE или других, которые работают в совместимом режиме, 32 битный режим оптимизирует обмен данными по шине PCI. Если его отключить, то может немного снизиться быстродействие дисковой подсистемы, особенно в случае подключения двух IDE-устройств на один шлейф, поэтому лучше ставить опцию в положении Enabled.
3rd Boot Device - третье загрузочное устройство
[xxx Drive] [Disabled]
Указанное в данном пункте устройство будет третьим, с которого BIOS попытается загрузить операционную систему.

просто получается что на втором HDD есть системные файлы и он берет их с него и передает загрузку на первый HDD, отключаем второй HDD и Windows уже не запускается

Отформатируйте винчестер при помощи Acronis или Partition magic из под DOS
и пробуйте установку заново

опия отвечающея за приоритет загрузки будет называться Boot priority а раздел называеться Boot