У разных производителей по разному.
Конкретно по Сигейту.
В флеш/пзу микропроцессора и/или внешней флешке: микропрограмма начального старта, самопроверки, начальные (boot) адаптивы и координаты служебной области.
На одном из блинов (Системном) выделена служебная область, около 100 цилиндров, где хранится основная микропрограмма, оверлеи, тестовые процедуры, листы дефектов, зонные таблицы, таблицы адаптивов, различные логи (смарта, тестов ...), и еще много чего полезного и не очень.
Вообщем FirmWare или так называяемая DiskWare (Дисковая операционая система реального времени)
Жутко засекреченная производителями, и потому на ее раскопки, уходит безумно много времени.
Ни каких утилит, по ремонту своих HDD ни кто из производителей не предоставляет даже своим сервисным центрам.
Основная сложность, найти засекреченные вендор команды и научиться ими пользоваться, чтобы иметь возможность работать со служебной областью и написать соответствующие утилиты, понимающие структуру модулей служебки.
Но, так как версии F/W HDD постоянно меняются. Включая вендор команды и формат служебки. Написать универсальную утилиту на все случаи жизни - невозможно.
Ни чего супер такого в PC3000 нет. Почти все можно делать и на обычных контроллерах. Но комплекс сделан так, что просто так из него нужные команды не выдернешь, все запрятано под несколькими уровнями защиты от плагиата методик конкурентами. Так, что еще не известно, что быстрей получится, раскопать микрокод харда или взломать все защиты PC3000.

C PC3000PCI китайцы смогли только клон сделать. То есть по сути копию компьютера желающие могли преобрести или плату за 400$, а нужное железо найти самим. Естественно комплекс был без последующего обновления.
PC3000UDMA - сломать не смогли.
Теперь у китайцев свой производитель (и копатель HDD) ремонтного комплекса - Salvationdata. Работает через USB. Но тоже серьезно защищен от взлома.
Старыми взломанными утилитами, которые попадаются в интернете, можно делать только харды 5-10 летней давности и то весьма ограничено. Так как многие методики тогда были еще не раскопаны. Для 7200.11 они бесполезны.