[exo]

Но квоты настраиваются целиком на том »

просто я имею опыт работы с панелью Plesk для хостинга. Там выделяется место под сайт и следовательно для FTP каждого домена. Думал может и штатными средствами можно ограничить место для FTP папок. Надо попробовать.