насчет шар - не вижу разницы между восстановлением и переносом, должен подойти KB:
Saving and restoring existing Windows shares
насчет копирования - FAR/WinCommander/XCOPY/... именно "копируют" права, т.е. структура наследования по веткам каталога рушится, поэтому имхо надежнее скриптом "нарисовать" структуру каталогов с требуемыми правами, а потом копировать файлы обычным способом
кстати, уже было:
http://forum.oszone.net/showthread.php?t=117525