Рисуете флэшку (movie.swf, например, по адресу path/to/), а потом вставляете код в html:
HTML код:

<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,0" width="550" height="400" id="nya_movie" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="movie" value="path/to/movie.swf" /><param name="quality" value="high" /><param name="bgcolor" value="#ffffff" /><embed src="path/to/movie.swf" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="550" height="400" name="nya_movie" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
Это сгенерировала среда Macromedia Flash 8
(тогда ещё Macromedia). Собственно, MM/Adobe Flash и стоит изучить, если хочется флэшем заниматься. Все остальные программки в той или иной степени ограничивают свободу действий.
Но нужно книжку почитать, чтобы разобраться.
Редактировать готовую флэшку в большинстве случаев нельзя. А где можно, там придётся попотеть так, что проще свою нарисовать
Да, ещё забыл добавить:
Ни в коем случае не делайте на флэше навигацию. По ней не пойдут поисковики (кажется, кроме гугла никто не умеет флэш индексировать, да и про него я не уверен), да и многие пользователи отключают флэш-плагин, т.к. на флэше в основном баннеры рисуют.
По поводу того сайта, что вы показали - там используется генерация кода на JavaScript'е. Не забивайте голову
