Pozia, так внесите эти ключи заново в реестр и при повторной перезагрузке запустится WPI (добавьте после .NET и до запуска x-reset ключ запуска батника, который добавит то, что вам нужно для установки после перезагрузки):
Код:

for %%i in (C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z) do if exist %%i:\WIN51 set CDROM=%%i:
set wpipath=%CDROM%\wpi
SET KEY=HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
REG ADD %KEY%\100 /VE /D "WPI" /f
REG ADD %KEY%\100 /V 1 /D "%wpipath%\WPI.hta" /f
REG ADD %KEY%\101 /VE /D "CleanUp and Rebooting" /f
REG ADD %KEY%\101 /V 1 /D "%systemroot%\system32\shutdown.exe -r -f -t 60 -c \"Windows XP will now restart in 60 seconds...\"" /f
Например на 100 ключ.
У меня раньше было сделано так, что проходил первый этап установки софта и последним пунктом в RunonceEx шел запуск батника, который поново прописывал ключи в RunOnceEx для дальнейшей установки после перезагрузки (как выше в коде например). После перезагрузки стартовала вторая часть установки софта и затем автоматическая перезагрузка командой shutdown