[ya158]

Не подскажите каким образом ищется последняя ветка? »

Разобрался сам. Если кому интересно, то можно использовать примерно такой код

Код:

SET Name=Имя_программы  
SET RunOnceEx=HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx  
reg query %RunOnceEx%>>c:\RunOnceEx.txt  
for /f  "DELIMS=" %%i in (c:\RunOnceEx.txt) do set j=%%i  
if "%j%"=="%RunOnceEx%" (
  			REG ADD %RunOnceEx%\%Name% /VE /D "%Name%" /f
  			REG ADD %RunOnceEx%\%Name% /V 1 /D "REG ADD %RunOnceEx%  /V \"%Name%\" /D  \"Запуск_%Name%\" /f" /f
  			goto :EOF
  			)  
del c:\RunOnceEx.txt /q  
reg query "%j%">>c:\RunOnceEx.txt  
for /f %%i in (c:\RunOnceEx.txt) do set k=%%i  
set /A k=%k%+1  
REG ADD %j% /V %k% /D "REG ADD %RunOnceEx%  /V \"%Name%\" /D  \"Запуск_%Name%\" /f" /f  del c:\test.txt /q