Я вообще-то в растерянности - помню пошел я в магазин и выбрал все, что касается С и С++ - но тогда только в Unix они и применялись
А сейчас литературы масса - вот сейчас Perl изучаю - не последний язык в Linux, но я не уверен, что те книжки, которые я чита(ю/л) наиболее полные и т.п.
Наиболее полный для меня - это man _имя_функции_.
А в остальном достаточно общих знаний по Linux.
Для примера (то, что у меня сейчас под рукой) :
Фролов А.В. Фролов В.Г.
Ф91 Практика применения PERL, PHP, APACHE и MySQL для активных Web-сайтов - М.: Издательско-торговый дом "Русская редакция", 2002
(Проектирование Web приложений в Linux и Windows)
