[XXXX Pro]

Чтобы узнать все ключи (кроме недокументированных, если таковые существуют) надо набрать setup /?.
А чтобы переустановить Windows 98 с нуля, необходимо полностью удалить каталог, в котором он находится, (включая все скрытые файлы в нем), и после этого устанавливать.
Windows 98 SE умеет находить загрузчик Windows NT и корректно добавлять себя в меню загрузки. Если вдруг по каким-то причинам этого не случится, то надо запустить консоль восстановления Windows 2000 и выполнить операцию восстановления boot-сектора (кажется, это команды fixboot и fixmbr).