через программу Victoria уменьшить скорость вращения шпинделя и шум соответственно
Не умели тогда еще винты скорость вращения менять. Это в современных "зеленых" WD такое предусмотрено, да и то я не знаю, реализовано ли на практике. Ну и MHDD/Victoria здесь не при чем.
Сабжевому винту, в лучшем случае, можно AAM поставить в тихий режим, если только AAM в этой модели не заблокирован.
Так или иначе, а если дефрагментация не помогла, то это не похоже на шум от здорового перемещения голов. Стоит подвергнуть сомнению сам винт ИМХО и заранее сменить. Более точно дистанционно вряд ли можно сказать.