Не понял, простите, что подразумевается под "файловым менеджером wine"...
В графике можно запустить либо щелчком мыши, либо, если не опознаётся программа, то выбрать, с помощью чего запускать, написав руками "wine". Когда у неё появился свой файловый менеджер?