HORRIBLE
В общем вот быстрый и грубый пример, как реализовать счётчик миллисекунд, но учитывая, что AutoIt - скриптовый язык (а значит работает медленно), немного поигравшись со значениями, примерно подсчитал, что 60 вызовов функции
_TimerProc() примерно равны 1 секунде.

В принципе в сети есть примеры, но они для таких языков, как:
C, C++, Delfi. Короче пробуй!
Код:

#include <Date.au3>
Global $SecTimer = 0
Global $MsTimer = 0
$hGUI = GUICreate("Timer", 200, 100)
$SecLabel = GUICtrlCreateLabel("00:", 75, 40, 16, 15)
$MSLabel = GUICtrlCreateLabel("", 91, 40, 16, 15)
GUICtrlSetColor(-1, 0xFF0000)
GUISetState()
Global $TimerProcHandle = DllCallbackRegister("_TimerProc", "none", "hwnd;int;int;dword")
Global $TimerCall = DllCall("user32.dll", "int", "SetTimer", "hwnd", 0, "int", 0, "int", 1, _
"ptr", DllCallbackGetPtr($TimerProcHandle))
$TimerCall = $TimerCall[0]
Do
Until GUIGetMsg() = -3
DllCallbackFree($TimerProcHandle)
DllCall("user32.dll", "int", "KillTimer", "hwnd", 0, "int", $TimerCall)
Func _TimerProc($hWnd, $Msg, $IdTimer, $dwTime)
If $MsTimer >= 60 Then
$MsTimer = 0
$SecTimer += 1
If $SecTimer >= 60 Then $SecTimer = 0
ControlSetText($hGUI, "", $SecLabel, StringFormat("%02i:", $SecTimer))
EndIf
$MsTimer += 1
ControlSetText($hGUI, "", $MSLabel, StringFormat("%02i", $MsTimer))
EndFunc