Это индекса файлов неправильные, обыкновенная проверка стандартными средствами винды (Мой компьютер/свойства диска/сервис/выполнить проверку) поможет, нужно держать свободное пространство более 10 процентов, если файлы все время перемещаются, меняются. Такое встречается на сильно забитых инфой жестких дисках.
После сканирования (поверхность можна пока не сканировать) сохранить инфу, а флеш форматнуть по новой. Чаще проверять на сбои и на вирусы и шифровать флеш без большой надобности не рекомендую.
PS
Проверять можна как писал
Normal, Victoria так и MHDD, но под DOS. хотя таких прог есть сотни.
Для формата (есть также много) часто пользуюсь
USB Disk Storage Format