это для Quake'a что ль? 
Не понял, в чем проблема.
Либо CD либо FDD? Оригинально.
Сделай ж.диск активным, загрузочным, установи туда MS-DOS (с той же дискеты), пропиши в загрузку поддержку CD-ROM'a, поставь CD-ROM с записанным на него дистрибутивом Win98, загружайся с ж.диска, дальше переходи на CD-ROM и стартуй установку..
