извиняюсь, забыл что речь о бинарных а не текстовых файлах, поэтому скорее так:
Код:

@Echo Off
Set $ROOT=C:\Game.sav
Set $FILE=SaveList.txt
For /F "UseBackQ Delims=" %%I In (`Dir "%$ROOT%" /A-D-H-S /B /S 2^>nul`) Do (
If Exist %$FILE% (
Copy /B "%$FILE%"+"%%I" "%$FILE%"
) ELSE (
Copy /B "%%I" "%$FILE%"
)
)