[__sa__nya]

Скорее всего: проблема с загрузчиком (ntldr). Вам нужно:
1)найти установочный диск вашей Win2000,
2) загрузиться с этого установочного диска ( выставляете в БИОСе первым загрузочным устройством ваш CDROM, если он не первое загрузочное устройство (опции или меню будут называться наподобие "Boot Device Priority", "First Boot Device" и т.п.), чтобы войти в настройку БИОС, при включении компьютера держите нажатую клавишу Del (F2, F1) или ту, которая указана в сообщении в процессе включения компа (если таковое имеется) - "Press "клавиша" to enter Setup" либо возьмите руководство по вашей материнке, найдите раздел БИОС, и там обязательно будет указано, какую клавишу использовать для входа в БИОС, после установки CD ROM'a изменения необходимо сохранить (обычно F10, либо найти команду "Save changes and exit setup")
3)запустить консоль восстановления - когда пройдет первая стадия загрузки с установочного диска вам будет предложено установить Винду(Enter), выйти из программы установки (F3), либо использовать консоль восстановления(R) (вроде так) - выбирайте консоль восстановления.
4)войти в вашу win2000 - после загрузки консоль прошарит ваши жесткие на наличие установленных ОС и спросит в какую выполнить вход, выбирайте "D:\WINNT"
5) выполнить команды FIXBOOT, FIXMBR, перезагрузиться. При выполнении данных команд возможно будет выводиться предупреждение, соглашайтесь.
Да и еще - подкорректируйте boot.ini partition(1) на partition(2)
а так же в разделе [operating systems] добавьте строку на загрузку 98 винды:
C:\="сюда вносите строку какая вам по душе"