Чтобы скрыть содержимое от не профессионалов, можно упаковать exe. Есть много упаковщиков типа UPX, ASPProtect и т.д. Я однако точно не знаю, работают ли они с .NET файлами. Если понадобится взломать, взломают и расшифруют, тупо сделают дамп из памяти.
См.
http://madebits.com/netz/
Ключевое слово "exe NET packer"
