[yurfed]

Почему для очистки папки TEMP все упорно указывают на %SystemRoot% и никто не подумал что переменные среды могут быть изменены самим пользователем?

Например папка TEMP может находится и в корне системного диска %SYSTEMDRIVE% (ди и вообще -где угодно).
Для начала неплохо бы выяснить переменную среду для временной папки, а уж потом удалять.

Забыли про переменную %USERPROFILE%\Local Settings\Temp которая так же, может быть изменена.

Может лучше как-то так %TEMP% или так %TMP%?

TEMP (системная) и ТМР (локальная) - Возвращает временные папки, по умолчанию используемые приложениями, которые доступны пользователям, выполнившим вход в систему. Некоторые приложения требуют переменную TEMP, другие — переменную TMP. Потенциально TEMP и TMP могут указывать на разные каталоги, но обычно - совпадают.