ИМХО достаточно двух команд (ATTRIB необязателен для RD):
Код:

Set TempDir=%SystemRoot%\Temp
RD "%TempDir%" /S /Q
If Not Exist "%TempDir%" MD "%TempDir%"
Но тут есть одна проблема - при удалении/создании каталога сбрасываются NTFS-права, поэтому если быть совсем правильным, то нужно восстанавливать ACL, назначенный каталогу при установке системы (при помощи CACLS или XCACLS).