[DJ Mogarych]

Что значит сразу перекодировать? Забыли вопрос свой уже, что ли? Вы же отрезать точно не можете от исходного файла! Именно поэтому и надо перекодировать в HuffYUV, который каждый кадр кодирует отдельно. И, соответственно, делать три кодирования вместо двух. А потеря качества будет в любом случае, если только не оставлять видео в формате HuffYUV.
Ну, а то, что быстро не перегоняется в AVI - это вопросы к мощности компьютера и к кодекам, который вы для этого используете.