Недостаточно информации.
Сколько винтов в системе? Не подключены ли во время установки внешние (например, USB) накопители? Системный винт подключен к ICH9 (к какому каналу?) или к JMB363 ?
Подозреваю, что после перезагрузки меняется порядок накопителей... А ПОЧЕМУ - интересный вопрос...
А режим диска не пробовали изменить ( IDE / ACHI ) ?
ЗЫЖ наверное, тема не совсем для этой ветки (Автоматическая установка Windows 2000/XP/2003).
